Chính phủ Nhật Bản từng giới hạn điều kiện thành viên của hợp tác xã chỉ là những người hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp và đặc biệt hạn chế các công ty hay tập đoàn tham gia vai trò lãnh đạo. Chính vì vậy, hợp tác xã Nhật Bản đã trở thành một hệ thống độc quyền, kiểm soát toàn bộ nền nông nghiệp Nhật Bản. Không thể phủ nhận rằng, với những dịch vụ mà họ mang lại cho nông dân, đặc biệt là hỗ trợ vay vốn, bảo hiểm và toàn bộ khâu sản xuât từ đầu vào đến đầu ra của nông sản nên hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản vẫn thu hút nhiều người tham gia làm thành viên.

Hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản là do người dân lập ra và hoạt động vì người nông dân. Những người điều hành hợp tác xã là những người được đào tạo nghiệp vụ bài bản và có kinh nghiệm trong lĩnh vực nông nghiệp nhưng phải chịu sự giám sát từ Ban giám đốc (hoạt động độc lập, không tham gia điều hành). Tất cả chức vụ này đều do người dân bầu ra một cách dân chủ. Người điều hành chịu áp lực rất lớn từ các thành viên của hợp tác xã: nông dân không phải là người phụ thuộc vào hợp tác xã mà trái lại, sự sống còn của hợp tác xã phải phụ thuộc vào người nông dân. Nói cách khác, hợp tác xã phải bám sát nhu cầu của người nông dân, đưa ra các dịch vụ thiết thực với đời sống của họ. Chính vì vậy, tuy là một tổ chức độc quyền nhưng hoạt động của hợp tác xã Nhật Bản lại khá linh hoạt theo điều kiện kinh tế và nhu cầu của người nông dân.

Đầu những năm 2000, hệ thống hợp tác xã Nhật Bản được chuyển dần từ ba bậc xuống hai bậc: các ngân hàng và công ty bảo hiểm của liên minh hợp tác xã cấp tỉnh sẽ được hợp nhất với cấp quốc gia để người nông dân có thể tiếp cận với những khoản vay và những hợp đồng bảo hiểm có giá trị lớn hơn và an toàn hơn trong khi những hợp tác xã địa phương vẫn duy trì tất cả dịch vụ thiết yếu với đời sống nông dân. Bên cạnh đó, gần đây, hợp tác xã Nhật Bản đã mở rộng đối tượng thành viên sang các công ty tư nhân và công ty nước ngoài để chuyên nghiệp hóa các hoạt động thương mại và marketing nhằm thu hút nhiều người trẻ trở lại với hoạt động nông nghiệp.

Hoạt động của hệ thống hợp tác xã Nhật Bản được tổ chức một cách chặt chẽ với những mục tiêu và định hướng rõ ràng. Tất cả các nông sản sản xuất bởi hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản đều đảm bảo một quy chuẩn chất lượng chung (nông nghiệp 3H - Healthy, High quality, High technology - sức khỏe, chất lượng cao, công nghệ cao), được gắn cùng một nhãn hàng “JA” và có thể cạnh tranh trên thị trường quốc tế. Không bó hẹp trong việc hỗ trợ quy trình sản xuất hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản thúc đẩy tư duy và tầm nhìn cua người nông dân Nhật Bản với những mục tiêu: duy trì năng suất, duy trì giá cổ phiếu thực phẩm, quảng bá các chương trình hỗ trợ lương thực, thực phẩm, liên kết với các chương trình hỗ trợ quốc tế, mở rộng các chương trình về an ninh lương thực quốc tế, hỗ trợ kế hoạch hóa gia đình và phúc lợi xã hội, hỗ trợ các nghiên cứu nông nghiệp liên quốc gia, thiết lập hệ thông thương mại nông nghiệp.

Là một tổ chức với 2/3 nông dân tham gia làm thành viên, hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản là đầu mối áp dụng khoa học - kĩ thuật từ khi mới được thành lập. Tổ chức này là địa chỉ để những người dân có thể chia sẻ các thiết bị công nghệ nông nghiệp hiện đại và đắt tiền, với chính sách mỗi vùng một sản phẩm, toàn bộ khu vực sản xuất đều được giám sát bằng camera và các thiết bị cảm ứng. Để làm được điều này, những người nông dân Nhật phải có trình độ nhất định và tinh thần hợp tác cao. Từ khi hợp tác xã là đơn vị công lập, chính phủ Nhật Bản đã chú trọng phát triển dịch vụ tư vấn nông nghiệp, trong đó không chỉ tư vấn, đào tạo về cách ứng dụng khoa học công nghệ mà còn kết hợp tư vấn về chi tiêu, tài chính, tiềm năng của từng giống cây trồng...

Đến nay, toàn bộ nông dân Nhật Bản có thể tự cập nhật và chia sẻ các thông tin về giá cả thị trường, cổ phiếu nông nghiệp, thời tiết, khoa học - kỹ thuật... thông qua một nền tảng trực tuyến kết nối những cá nhân, tổ chức nông nghiệp. Các hợp tác xã cũng hợp tác với các trường đại học và thành lập một liên minh gọi là: “Liên đoàn Đại học hợp tác xã” (NFUCA) với hơn 1.4 triệu thành viên. Trong đó, các sinh viên, giảng viên của các trường vừa là người tiêu thụ nông sản do hợp tác xã sản xuất, đồng thời cũng quảng bá, đào tạo các công nghệ mới và liên kết thực hiện các nghiên cứu ứng dụng.

Từ kinh nghiệm phát triển hợp tác xã của Nhật Bản cho thấy, cần đẩy nhanh hơn nữa việc đăng ký lại hoạt động của các hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã năm 2012. Tăng cường sự liên kết chặt chẽ giữa hợp tác xã với thành viên. Đào tạo, đào tạo lại để nâng cao chất lượng nguồn nhân lực của hợp tác xã nông nghiệp. Hoạt động sản xuất kinh doanh của hợp tác xã theo kịp với cơ chế thị trường. Ngoài các hoạt động các dịch vụ đầu vào cho sản xuất nông nghiệp, các hợp tác xã cần quan tâm hơn nữa đến các dịch vụ đầu ra như bảo quản, chế biến, tiêu thụ sản phẩm. Đẩy mạnh việc hình thành các chuỗi liên kết sản xuất và tiêu thụ sản phẩm giữa nông dân, hợp tác xã và các doanh nghiệp nhằm tránh rủi ro trong sản xuất và tiêu thụ sản phẩm. Việc xây dựng mô hình hợp tác xã hoạt động hiệu quả gắn với liên kết chuỗi giá trị cần được triển khai sâu, rộng ở các địa phương, đồng thời đẩy mạnh hơn nữa công tác tuyên truyền, nhân rộng các mô hình hợp tác xã hoạt động hiệu quả,…